生物工程专业建立于1987年,不但是著名的昂立1号口服液的发源地,而且在大规模污水处理领域享有盛誉。生物工程系成立于本世纪初,是我国生物工程领域的顶级研究单位之一。目前全系有32名教职员工,其中包括18名教授,在生物工程、生物化学工程两个专业方向指导硕士生和博士生的培养,同时也是生物工程一级学科和微生物代谢国家重点实验室建设的主力军。18个研究团队,主要围绕蛋白质和多肽人工进化、生物医药与农用抗生素、生物能源、功能糖醇、益生菌、生物功能材料、饮用水质量控制、环境生物修复、分子诊断、免疫治疗、合成生物学、海洋微生物学、生物化工、反应器工程等方向开展应用基础研究与技术创新。