余祥

长聘教轨副教授

  • 电话:021-34205134
  • 邮箱:yuxiang2021@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海交通大学闵行校区生命科学技术学院4A-301
  • 博士生导师,课题组组长。课题组研究方向包括植物RNA生物学和计算生物学。目前已在Developmental Cell、Nature Communications、Plant Cell和Genome Research等期刊发表著作50余篇。

学术经历

  • 2014年8月-2021年1月:  宾夕法尼亚大学生物系,分子生物学和生物信息学,博士后
  • 2008年9月-2014年7月: 中国科学院植物生理生态研究所,遗传学,理学博士
  • 2004年9月-2008年6月: 华南农业大学园艺学院,生物技术,农学学士

研究方向

4. 组学数据分析: 开发程序对多组学数据进行整合分析

4. 组学数据分析: 开发程序对多组学数据进行整合分析。

组学技术研发: 结合分子生物学和高通量测序技术研发新的...

组学技术研发: 结合分子生物学和高通量测序技术研发新的组学方法。

植物逆境生物学: 研究RNA转录后调控如何参与植物应对非生...

植物逆境生物学: 研究RNA转录后调控如何参与植物应对非生物胁迫。

RNA生物学: 研究RNA转录和转录后调控的分子机制

RNA生物学: 研究RNA转录和转录后调控的分子机制。

代表论著

  • •  

    Wu, Y., Shao, W., Yan, M., Wang, Y., Li, X., Gregory, B.D.,  Yang, J.*, Wang, H.* and  Yu X.* (2024). Transfer learning enables identification of multiple types of RNA modifications using nanopore direct RNA sequencing. Nature Communications 15, 4049.

    •  

    Zhang, Y.#, Xu, P.#, Xue, W.#, Zhu, W.*, Yu, X.* (2023). Diurnal gene oscillations modulated by RNA metabolism in tomato. The Plant Journal. tpj.16400. 

    •  

    Xu, P.#, Zhang, W.#, Wang, X., Zhu, Y., Liang, W., He, Y.*, Yu, X.* (2023). Multiomics analysis reveals a link between Brassica‐specific miR1885 and rapeseed tolerance to low temperature. Plant Cell & Environment. pce.14690. 

    •  

    Yu, X., Willmann, M.R., Vandivier, L.E., Trefely, S., Kramer, M.C., Shapiro, J., Guo, R., Lyons, E., Snyder, N.W., and Gregory, B.D*. (2021). Messenger RNA 5′ NAD+ Capping Is a Dynamic Regulatory Epitranscriptome Mark That Is Required for Proper Response to Abscisic Acid in Arabidopsis. Developmental Cell 56, 125-140.

    •  

    Wu, Y., Shao, W., Liu, S., Wang, L., Xu, P., Zhang, X., Song, H., Li, X., Wang, J.*, and Yu, X.* (2025). Simultaneous profiling of ac4C and m5C modifications from nanopore direct RNA sequencing. International Journal of Biological Macromolecules, 140863. 

  • •  

    Wu, Y., Xu, P., Wang, L., Liu, S., Hou, Y., Lu, H., Hu, P.*, Li, X.*, and Yu, X.* (2025). scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis. Briefings in Bioinformatics 26, bbaf018. 

    •  

    Yu, X.#, Willmann, M.R.#, Anderson, S.J., and Gregory, B.D. * (2016). Genome-Wide Mapping of Uncapped and Cleaved Transcripts Reveals a Role for the Nuclear mRNA Cap-Binding Complex in Cotranslational RNA Decay in Arabidopsis. Plant Cell 28, 2385–2397

    •  

    Yu, X. #, Davenport, J.W. #, Urtishak, K.A., Carillo, M.L., Gosai, S.J., Kolaris, C.P., Byl, J.A.W., Rappaport, E.F., Osheroff, N., Gregory, B.D.*, Felix, A.C.* (2017). Genome-wide TOP2A DNA cleavage is biased toward translocated and highly transcribed loci. Genome Research 27, 1238–1249.

    •  

    Li, X., Wang, H., Yu, X., Saha, G., Kalafati, L., Ioannidis, C., Mitroulis, I., Netea, M., Chavakis, T. & Hajishengallis, G. (2022). Maladaptive innate immune training of myelopoiesis links inflammatory comorbidities. Cell185, 1709-1727.

    •  

    Xiao, J., Jin, R., Yu, X., Shen, M., Wagner, J.D., Pai, A., Song, C., Zhuang, M., Klasfeld, S., He, C., et al. (2017). Cis and trans determinants of epigenetic silencing by Polycomb repressive complex 2 in Arabidopsis. Nature Genetics 49, 1546–1552.

教学情况

  • Python语言程序设计(本科生课程,BIO2551),主讲,2023至今
  • 科技英语写作与交流(研究生课程,GE7001),  主讲,2024至今
  • 植物生物学 (研究生课程,BIO8203),参讲:2022-2023;主讲:2024至今
  • 基因转录和表观遗传学 (研究生课程,BIO8508),2024至今

  • 2024.1-2027.12:国家自然科学基金面上项目,主持,在研。
  • 2022.1-2025.12:国家自然科学基金面上项目,主持,在研。
  • 2024.12-2025.12:上海市教委人工智能专项 ,主持,在研。
  • 2021.10-2023.9:  上海市浦江人才项目,主持,结题。

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生