胥川

长聘教轨副教授

  • 电话:+86-021
  • 邮箱:chuanx@sjtu.edu.cn (长期招收实验或生信方向博士后,2023年招分子/细胞生物学实验方向普博生)
  • 课题组长,博导,利用计算和实验等手段研究基因产物(RNA和蛋白质等)多样性的演化意义及其在环境适应和疾病中的作用和机制,在Cell Syst., PLoS Biol., Mol. Biol. Evol., Cell Rep., Nat. Rev. Genet.等期刊发表论文。

学术经历

  • 现为上海交通大学长聘教轨副教授,Bio-X研究院研究组长,博士生导师
  • 毕业于浙江工业大学/浙江大学, 密西根大学博士后

 

 

 

研究方向

基因产物多样性的分子错误理论及其机制与应用

    基因组学研究已表明:一个基因由于可变的转录起始、剪接、终止等原因可以产生不同的RNA;酶的编辑和修饰可以使RNA的碱基甚至序列发生变化,最终可以导致翻译的蛋白质发生改变;RNA在翻译中还可能由于可变的翻译起始和终止等原因产生不同的蛋白质。可见,同一个基因在转录和翻译中可以产生大量不同的RNA或蛋白质分子。这种基因产物多样性究竟是精细的基因调控还是基因表达过程中的错误?一些研究表明,在某些情况下部分基因产物多样性似乎是有益的,这也是大部分研究者支持的适应性假说;然而,通过基因组水平的分析,我们发现分子错误假说更适合于解释基因产物多样性,即:多样的基因产物主要源自于基因表达过程中的错误,多数是无功能甚至有害的。

    本实验室围绕人类的健康与疾病,基于多组学数据,利用分子/细胞生物学、生物信息学、演化基因组学等多种干湿结合的实验手段,开展基因产物多样性的理论、机制以及应用研究。我们将丰富和完善基因产物多样性的分子错误理论,探索其背后的基因组水平规律和演化机制,解析基因产物多样性稳态失衡在疾病(例如焦虑/抑郁/阿尔茨海默病等精神/神经类疾病以及癌症)发生发展中的作用和机制,挖掘在物种适应环境中起着关键作用的非典型基因产物(例如致病真菌对环境的适应)。

    研究小组长期招收本科实习生、硕士生、博士生和博士后,欢迎来邮咨询了解。急招博士生一名(2023年春正式入学)和2-3名博士后,分子/细胞/神经生物学实验方向,有核酸建库经验者优先。

代表论著

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    Zhang, J., and Xu, C.  (2022) Gene product diversity: adaptive or not? Trends in Genetics, In press

    •  

    Xu, C., and Zhang, J (2021) Mammalian circular RNAs result largely from splicing errors. Cell Reports., 36:109439.

    •  

    Xu, C., and Zhang, J. (2020). Mammalian alternative translation initiation is mostly nonadaptive. Molecular Biology and Evolution. Mar 7. pii: msaa063. doi: 10.1093/molbev/msaa063.

    •  

    Xu, C., and Zhang, J. (2020) A different perspective on alternative cleavage and polyadenylation. Nature Review Genetics., doi: 10.1038/s41576-019-0198-z

    •  

    Xu, C., Park, J. K., and Zhang, J. (2019). Evidence that alternative transcriptional initiation is largely nonadaptive. PLoS biology, 17(3), e3000197.

  • •  

    Xu, C., and Zhang, J. (2018). Alternative Polyadenylation of Mammalian Transcripts Is Generally Deleterious, Not Adaptive. Cell systems. 6 (6), 734-742.e4

教学情况

  • 《自然科学基础》,32学时
  • 《遗传学与进化》,32学时