“永新”青年学者、长聘教轨副教授
研究微生物个体在群体中的决策，社会性行为，以及潜在的在生物技术以及合成生物学中的应用价值。
充分应用自主开发的使能工具结合计算生物学设计构建可与重要生物活性化合物绿色智能制造，重要环境污染物降解以及疾病治疗领域对接的微生物细胞工厂。
基于CRISPR等的合成生物学工具深度开发，动态转录翻译调控平台的搭建等。
Tong, S., Qin, Y., Sun, Y. Gao, Y., Song, M., Fang, T., Tong, Y.* Programmable, multiplexed and orthogonal gene control in bacteria with attenuated Cas13d systems. Nature Biotechnology. https://doi.org/10.1038/s41587-026-03160-x (2026).
Tong, S., Tong, Y*. Programmable control of bacterial operons with a single Cas13 RNA effector. Nature Biotechnology. https://doi.org/10.1038/s41587-026-03159-4 (2026). Research briefings.
Luo, J., Chia, N., Qin, Y., Tan, P., Zhang, L., Yang, S., Yuan, Z., Hong, L., Lee, S. L.*, Tong, Y.* STAGE: A compact and versatile TnpB-based genome editing toolkit for Streptomyces, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 122 (35) e2509146122. (2025).
Tan, W., Tong, S., Gao, Y., Wang, J., Zhang, J., Xie, Z., Dai, H., Liang, Y., Tan, G.-Y., Zhang, L.*, Tong, Y.*, Rational spatial rewiring of key enzymes enhances α-santalene production in Saccharomyces cerevisiae. Bioresour. Technol. 436,133027. (2025).
Luo, J., Li, N., Wang, W., Gao, Y., Tang, H.*, Bai, L.*, Lee, S. Y.*, Tong, Y.*, Halogenases and dehalogenases: mechanisms, engineering, and applications. Nat. Prod. Rep. doi: 10.1039/D5NP00055F. (2025).
Yang, S., Cai, Z., Chia, N., Luo, L., Weber, T.*, Blin, K.*, Tong, T.*, CRISPy-web 3.0: a unified platform for multi-modal guide RNA design for CRISPR and TnpB genome editing applications. Synth. Syst. Biotechnol. 11, 317-322. (2025).
Tong, Y.*, Jørgensen, T.S., Whitford, C.M., Weber, T.*, Lee, S.Y.* A versatile genetic engineering toolkit for E. coli based on CRISPR-prime editing. Nature Communications. 12, 5206 (2021).
Tong, Y., Whitford, C. M., Blin, K., Jørgensen, T. S., Weber, T.*, Lee, S. Y.* CRISPR-Cas9-based, CRISPRi, and CRISPR-BEST-mediated genetic manipulation in streptomycetes. Nature Protocols. 15, 2470-2502. (2020).
Best innovation award of Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, 2015
浦江创新论坛-寻找青年的声音，2021
上海交通大学生命科学技术学院第七届教师教学竞赛二等奖，2022
上海交通大学第七届青年教师教学竞赛决赛三等奖，2023
上海生物工程学会优秀青年科学家奖，2025
现授“生命科学前沿：合成生物学”（研究生），春季学期-
现参与授课“基因工程”（本科），秋季学期-
现参与授课“基因工程与合成生物学”（研究生MEM），秋季学期-
高耀杰，助理研究员；
李娜，博士研究生，2021级；
王佳，博士研究生，2022级（春）；
孙雅倩，博士研究生，2023级（春）；
袁梓涵，博士研究生（致远荣誉计划），2023级；
尹俪洁，直博（致远荣誉博士计划），2024级；
童圣坤，硕士研究生，2022级；童圣坤，博士研究生，2024级（转博）；
张令闻，博士研究生，2024级；
覃宇禧，硕士研究生，2023级；
蔡祖鹏，硕士研究生，2023级；覃宇禧，博士研究生，2025级（转博）；
杨思瀚，硕士研究生，2024级；
马淑珍，博士研究生（明志计划），2025级；
李汶，硕士研究生，2025级；
李凯，硕士研究生，2025级；
宋沐沂，本科生（基地班），2022级；
艾睿垚，本科生（强基），2023级；
张高畅，本科生，2023级
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