李雷

长聘教轨副教授

  • 电话:+86 021
  • 邮箱:lei.li@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市闵行区张家里路360号
  • 博士生导师,合成微生物药物课题组组长,国家优秀青年基金(海外)获得者。主要从事微生物天然药物化学与合成生物学研究。已在Nat Microbiol等期刊发表20余篇论文。担任JIMB编委与iMeta青年编委。常年欢迎不同学科背景的本科生、研究生与博士后等加盟。

学术经历

  • 2022年7月-今,上海交通大学生命科学技术学院,长聘教轨副教授
  • 2019年5月-2022年5月,美国洛克菲勒大学,博士后(合作导师:Sean Brady 教授)
  • 2017年7月-2019年4月,中国科学院分子植物科学卓越创新中心,博士后(合作导师:姜卫红 研究员)
  • 2011年9月-2017年7月,中国科学院分子植物科学卓越创新中心,微生物学,理学博士
  • 2007年9月-2011年6月,四川农业大学生命科学学院,生物科学,理学学士

研究方向

微生物天然产物大规模基因组定向挖掘与活性评价

大规模测序的微生物基因组为新化合物挖掘提供了一个巨大宝库。核心问题是如何选择感兴趣的基因簇并将其快速转变为目标产物。本实验室将主要聚焦非核糖体肽合成基因簇高通量定向挖掘,通过基因簇体内高效表达与结构预测指导的化学合成等策略,快速获得新结构或新机制化合物。随后开展体外活性、细胞毒性、作用机制与小鼠疾病模型等研究。最后与医院合作,完成临床前研发,推进新药临床研究。

新型合成生物技术驱动的微生物药物高效制造

由于甲基化限制修饰导致低的DNA转化效率以及菌株本身弱的同源重组能力,导致多种重要药物产生菌遗传操作困难,严重制约了工业高产菌株的构建。本实验将主要聚焦难操作药源微生物,包括稀有放线菌与丝状真菌等,发展系列普适的新一代合成生物技术,以此开发具有“发酵水平高、组分简单、菌种稳定”等特点的新一代工业菌株。随后与药企合作优化发酵工艺,完成小试与中试研究,降低工业生产成本与有机溶剂使用率,最终实现多种微生物药物或药物中间体高效制造。

代表论著

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    Li L*. Accessing hidden microbial biosynthetic potential from underexplored sources for novel drug discovery. Biotechnology Advances 2023; 66:108176.

    •  

    Li L, Koirala B, Hernandez Y, MacIntyre LW, Russo R, Ternei MA, Brady SF*. Identification of structurally diverse menaquinone-binding antibiotics with in vivo activity against multidrug-resistant pathogens. Nature Microbiology 2022; 7:120-131.

    •  

    Li L, MacIntyre LW, Ali T, Russo R, Koirala B, Hernandez Y, Brady SF*. Biosynthetic interrogation of soil metagenomes reveals metamarin, an uncommon cyclomarin congener with activity against Mycobacterium tuberculosis. Journal of Natural Products 2021; 84:1056-1066.

    •  

    Li L, Wei KK, Liu XC, Wu YJ, Zheng GS, Chen SX, Jiang WH*, Lu YH*. aMSGE: advanced multiplex site-specific genome engineering with orthogonal modular recombinases in actinomycetes. Metabolic Engineering 2019; 52:153-167.

    •  

    Li L, Liu XC, Wei KK, Lu YH*, Jiang WH*. Synthetic biology approaches for chromosomal integration of genes and pathways in industrial microbial systems. Biotechnology Advances 2019; 37(5):730-745.

  • •  

    Li L, Wei KK, Zheng GS, Liu XC, Chen SX, Jiang WH*, Lu YH*. CRISPR-Cpf1 assisted multiplex genome editing and transcriptional repression in Streptomyces. Applied and Environmental Microbiology 2018; 84:e00827-18.

    •  

    Li L, Zheng GS, Chen J, Ge M, Jiang WH*, Lu YH*. Multiplexed site-specific genome engineering for overproducing bioactive secondary metabolites in actinomycetes. Metabolic Engineering 2017; 40:80-92.

    •  

    Li L, Jiang WH*, Lu YH*. New strategies and approaches for engineering biosynthetic gene clusters of microbial natural products. Biotechnology Advances 2017; 35:936-949.

    •  

    Li L, Jiang WH*, Lu YH*. A novel two-component system, GluR-GluK, involved in glutamate sensing and uptake in Streptomyces coelicolor. Journal of Bacteriology 2017; 199:e00097-17.

    •  

    Li L, Zhao YW, Ruan LJ, Yang S, Ge M, Jiang WH*, Lu YH*. A stepwise increase in pristinamycin II biosynthesis by Streptomyces pristinaespiralis through combinatorial metabolic engineering. Metabolic Engineering 2015; 29:12-25.

获奖情况

  • 国家优秀青年科学基金(海外)获得者(2023)

  • 上海市海外高层次人才引进计划(2023)

  • 上海市浦江人才计划(2022)

  • 国家博士后创新人才支持计划(2017)

  • 中国科学院大学优秀毕业生(2017)

  • 中国科学院院长优秀奖(2017)

  • 国家自然科学基金面上项目(2024-2027,主持)
  • 国家重点研发计划合成生物学重点专项(2023-2028,课题主持)
  • 国家重点研发计划合成生物学青年重点专项(2023-2028,任务主持)
  • 中央高校优秀青年团队项目(2023-2026,课题主持)
  • 上海市自然科学基金探索类项目(2018-2021,主持)
  • 中国博士后科学基金面上项目(2017-2018,主持)

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生