庆睿

长聘教轨副教授

  • 电话:+86 021
  • 邮箱:ruiqing.br@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市东川路800号,上海交通大学系统生物楼C405
  • 具有生物工程和材料科学多领域背景,近年来研究专注于膜蛋白水溶化设计,并探索其在医药学和生物电子学中的应用。未来研究包括基于深度学习的蛋白设计、生物医药和分子整合生物电化学界面等。课题组常年欢迎具有分子生物学,合成生物学,计算生物学,深度学习和软性材料设计背景的同学加盟!

学术经历

  • 2021-至今 上海交通大学 生命科学技术学院 长聘教轨副教授
  • 2019-2021 麻省理工学院 科赫癌症研究所 资深博士后和Research Scientist
  • 2014-2019 麻省理工学院 媒体实验室 博士后
  • 2013-2014 佛罗里达大学 材料科学与工程学院 博士后
  • 2007-2013 佛罗里达大学 硕士(材料科学和工业工程)和博士(材料科学)
  • 2003-2007 同济大学 学士(材料科学)

研究方向

膜蛋白的理性设计

利用包括QTY编码在内的理性设计手段,对于膜蛋白的溶解度和功能特性进行设计优化。

基于深度学习的蛋白设计

利用包括扩散模型在内的深度学习方法,基于序列和结构等多方面信息进行基于结构的从头蛋白设计或针对已有蛋白质数据集的性质优化。

膜蛋白的生医工医用

利用蛋白质设计手段,通过解析在生理和病理过程中具有重要作用的膜蛋白的分子机制,或是设计类抗体诱饵受体蛋白,拓宽其在生物医药中的应用。

分子整合微观电化学界面

基于蛋白质功能设计,在微纳结构中整合具有分子特异性的生物电化学界面,实现低维状态下生-电信号的实时交互。

代表论著

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    R. Qing|*, M. Xue|, J. Zhao, L. Wu, A. Breitwieser, E. Smorodina, T. Schubert, G. Azzellino, D. Jin, J. Kong, T. Palacios*, U. Sleytr, S. Zhang*. “Scalable biomimetic sensing system with membrane receptor dual-monolayer probe and graphene transistor arrays”, Science Advances, 9, 29, (2023) eadf1402.

    •  

    R. Qing*, S. Hao*, E. Smorodina, D. Jin, A. Zalevsky, S. Zhang. “Protein Design: From the Aspect of Water Solubility”, Chemical Reviews, 122, 18, (2022) 14085-14179.

    •  

    R. Meng, S. Hao*, C. Sun, Z. Hou, Y. Hou, L. Wang, P. Deng, P. Deng, J. Deng, Y. Yang, H. Xia, B. Wang*, R. Qing*, S. Zhang*. “Reverse-QTY code design of active human serum albumin self-assembled amphiphilic nanoparticles for effective anti-tumor drug doxorubicin release in mice”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 120, 21, (2023) e2220173120.

    •  

    R. Qing*, Q. Han, M. Skuhersky, M. Badr, H. Chung, T. Schubert, S. Zhang*. “QTY code designed thermostable and water-soluble chimeric chemokine receptors with tunable ligand affinity”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 116-51, (2019) 25668-25676.

    •  

    R. Qing|*, F. Tao|, P. Chatterjee|, G. Yang, Q. Han, H. Chung, J. Ni, B. Suter, J. Kubicek, B. Maertens, T. Schubert, C. Blackburn, S. Zhang*. “Non-full-length water-soluble CXCR4QTY and CCR5QTY chemokine receptors: implication for overlooked truncated but functional membrane receptors”, 23-12, iScience, (2020) 101670.

  • •  

    L. Chen, R. Meng, R. Qing, W. Li, Z. Wang, Y. Hou, J. Deng, W. Pu, Z. Gao, B. Wang, S. Hao*.  “Bioinspired Robust Keratin Hydrogels for Biomedical Applications”, Nano Letters, 22, 22, (2022) 8835-8844.

    •  

    S. Hao, D. Jin, S. Zhang*, R. Qing*. “QTY code designed water-soluble Fc-fusion cytokine receptors bind to their respective ligands”, QRB Discovery, 1-18, (2020).

    •  

    P. Chatterjee*, N. Jakimo, J. Lee, N. Amrani, T. Rodriguez, S. Koseki, R. Qing, S. Hao, E. J. Sontheimer, J. M. Jacobson*. “An engineered ScCas9 with broad PAM range and high specificity and activity”, Nature Biotechnology, 38-10, (2020) 1212.

    •  

    R. Qing, W. Sigmund*. “Bi-functional CexZr1−xO2 semiconductor nanoparticles with UV light switch”, Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, 266, (2013) 55-63.

    •  

    S. Zhang*, F. Tao, R. Qing, H. Tang, M. Skuhersky, K. Corin, L. Tegler, A. Wassie, B. Wassie, Y. Kwon, B. Suter, C. Entzian, T. Schubert, G. Yang, J. Labahn, J. Kubicek, B. Maertens. “QTY code enables design of detergent-free chemokine receptors that retain ligand-binding activities”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 115-37, (2018) E8652-E8659.

  • •  

    W Li, R Qing, H Zhang, Z Wang, Y Yuan, L Wang, J Deng, B Wang, S Hao*. “Cellular mechanisms driving the distinct behavior of trichocyte keratins in wound healing”, Advanced Functional Materials, (2023) 2307634.