童垚俊

长聘教轨副教授

  • 电话:+86-21-34204266
  • 邮箱:yaojun.tong@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市闵行区东川路800号,生命科学技术学院,3-409
  • 海外优青,上海海外高层次引进人才。论文40+,总引3100+。任分子微生物学及生物工程专委会委员兼秘书、合成生物学分会青年委员;Synth Syst Biotechnol和Front Bioeng Biotechnol副主编;Antibiotics编委;荷兰NWO评审专家等。

学术经历

  • 2020.12-今,上海交通大学生命科学技术学院,长聘教轨副教授。博士生导师。
  • 2016.02-2020.12, The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark. 研究员(助理教授)。
  • 2013.09-2016.02, The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark. 博士后, 合作导师:Sang Yup Lee院士和Tilmann Weber教授。
  • 2008.09-2013.09, 中国科学院微生物研究所,理学博士。
  • 2004.09-2008.06, 北京科技大学,理学学士(北京地区优秀毕业生)。

研究方向

3. 社会微生物学。

研究微生物个体在群体中的决策,社会性行为,以及潜在的在生物技术以及合成生物学中的应用价值。

2. 智能微生物细胞工厂设计,构建和应用。

充分应用自主开发的使能工具结合计算生物学设计构建可与重要生物活性化合物绿色智能制造,重要环境污染物降解以及疾病治疗领域对接的微生物细胞工厂。

1. 微生物合成生物学使能工具深度开发。

基于CRISPR等的合成生物学工具深度开发,动态转录翻译调控平台的搭建等。

代表论著

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    Chia, N., Lee, S.Y.* Tong, Y.*, Optogenetic tools for microbial synthetic biology. Biotechnol. Adv. 59, 107953 (2022).

    •  

    Tong, Y.*, Jørgensen, T.S., Whitford, C.M., Weber, T.*, Lee, S.Y.* A versatile genetic engineering toolkit for E. coli based on CRISPR-prime editing. Nature Communications. 12, 5206 (2021).

    •  

    Tong, Y.*, #, Zhang, J.#, Wang, L., Wang, Q., Huang, H., Chen, X., Zhang, Q., Li, H., Sun, N., Liu, G., Zhang, B., Song, F., Alterovitz, G., Dai, H.*, Zhang, L.* Hyper-synergistic antifungal activity of rapamycin and peptide-like compounds against Candida albicans orthogonally via Tor1 kinase. ACS Infectious Diseases. 7, 2826-2835. (2021).

    •  

    Tong, Y.*#, Zhang, J.#, Sun, N. #, Wang, X. #, Wei, Q., Zhang, Y., Huang, R., Pu, Y., Dai, H., Ren, B., Pei, G., Song, F., Zhu, G., Wang, X., Xia, X., Chen, X., Jiang, L., Zhang, J., Ouyang, L., Zhang, B., Jiang, Y., Liu, X., Calderone, R., Bai, F.*, Zhang, L.*, Alterovitz, G. Berberine reverses multidrug resistance in Candida albicans by hijacking the drug efflux pump Mdr1p. Science Bulletin. 66, 1895-1905. (2021).

    •  

    Tong, Y.*#, Zhang, J.#, Sun, N. #, Wang, X. #, Wei, Q., Zhang, Y., Huang, R., Pu, Y., Dai, H., Ren, B., Pei, G., Song, F., Zhu, G., Wang, X., Xia, X., Chen, X., Jiang, L., Zhang, J., Ouyang, L., Zhang, B., Jiang, Y., Liu, X., Calderone, R., Bai, F.*, Zhang, L.*, Alterovitz, G. Berberine reverses multidrug resistance in Candida albicans by hijacking the drug efflux pump Mdr1p. Science Bulletin. 66, 1895-1905. (2021).

  • •  

    Tong, Y., Whitford, C. M., Blin, K., Jørgensen, T. S., Weber, T.*, Lee, S. Y.* CRISPR-Cas9-based, CRISPRi, and CRISPR-BEST-mediated genetic manipulation in streptomycetes. Nature Protocols. 15, 2470-2502. (2020).

    •  

    Tong, Y.*, Deng, Z.*, An aurora of natural products-based drug discovery is coming. Synthetic and Systems Biotechnology. 5, 92-96 (2020).

    •  

    Tong, Y., Whitford, C. M., Robertsen, H. L., Blin, K., Jørgensen, T. S., Klitgaard, A. K., Weber, T.*, Lee, S. Y.* Highly efficient DSB-free base editing for streptomycetes with CRISPR-BEST. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 116, 20366-20375 (2019).

    •  

    Tong, Y., Weber, T.*, Lee, S. Y.* CRISPR/Cas-based genome engineering in natural product discovery. Nat. Prod. Rep. 36, 1262-1280 (2019). Journal cover paper. 

    •  

    Tong, Y.*,#, Liu, M.#, Zhang, Y., Liu, X., Huang, R., Song, F., Dai, H., Ren, B., Sun, N., Pei, G., Bian, J., Jia, X-M., Huang, G., Zhou, X., Li, S., Zhang, B., Fukuda, T., Tomoda, H.,Ōmura, S., Cannon, R.D., Calderone, R., Zhang, L.* Beauvericin counteracted multi-drug resistant Candida albicans by blocking ABC transporters. Synthetic and Systems Biotechnology. 1, 158-168. (2016).

  • •  

    Tong, Y., Charusanti, P., Zhang, L., Weber, T.*, Lee, S. Y.* CRISPR-Cas9 Based Engineering of Actinomycetal Genomes. ACS Synth. Biol. 4, 1020-1029 (2015). Journal cover paper. ESI highly cited paper.

获奖情况

  • Best publication award of Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, 2015
  • Best innovation award of Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, 2015

  • 浦江创新论坛-寻找青年的声音2021

教学情况

  • 现授“自然科学基础”(本科),秋季学期-
  • 现授“基因工程与合成生物学”(研究生MEM),秋季学期-
  • 现授“生命科学前沿:合成生物学”(研究生),春季学期-

  • 同基因型链霉菌群体间领地意识形成的分子机制研究,国家自然科学基金面上项目,主持,2024.01.01-2027.12.31。
  • 无需启动子的细菌基因转录激活系统的构建,国家自然科学基金面上项目,主持,2022.01.01-2025.12.31。
  • 智能化微生物基因组信息挖掘平台的创建,科技部外专项目,主持,2021.01.01-2022.12.31。
  • 特殊环境底盘细胞构建的先进使能技术,国家重点研发计划“合成生物学”重点专项,主持,2021.12.01-2026.11.30。
  • 底盘/异源途径适配性表达使能技术,国家重点研发计划“绿色生物制造”重点专项,参与,2021.07.01-2024.06.30。
  • DNA硫修饰及全新基因编辑体系,上海交通大学“基础研究特区计划”,参与,2021.11.01-2024.10.30。

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生