石婷

研究员

  • 电话：+86-021-34207347
  • 邮箱：tshi@sjtu.edu.cn
  • 地址：叶杰全楼405室
  • 长期从事计算化学、合成生物学、生物信息学等多学科交叉领域的科学研究工作。现致力于微生物药物代谢通路中的关键酶催化作用机制的解析，发展了能够快速分析酶结构-功能关系的“预反应态”模型，并在此基础上展开对酶-底物从识别、催化到释放的全过程模拟分析。

学术经历

  • 2007.07-2010.07 中科院上海药物研究所博士后
  • 2010.07-2013.06 上海交通大学医学院 助理研究员
  • 2013.06-2014.12 上海交通大学生命科学技术学院  助理研究员
  • 2014.12-2022.12 上海交通大学生命科学技术学院  副研究员
  • 2022.12-至今 上海交通大学生命科学技术学院  研究员

研究方向

微生物药物设计

”干-湿“结合，设计微生物药物

酶结构-功能关系

从酶的活性中心及整体结构出发研究其功能

生物信息学分析

生物信息学分析

酶催化机制

运用计算生物学从分子/原子水平解析关键酶的催化机制

代表论著

  • •  

    Molecular Insights into Bifunctional Ambruticin DH3 for Substrate Specificity and Catalytic Mechanism

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    •  

    Insight into Substrate-assisted Catalytic Mechanism and Stereoselectivity of Bifunctional Nocardicin Thioesterase

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    •  

    Reductive inactivation of the he miaminal pharmacophore for resistance against tetrahydroisoquinoline antibiotics

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    •  

    Discovery of Semi-Pinaco lases from the Epoxide Hydrolase Family during Efficient Assembly of a Fungal Polyketide

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    •  

    Theoretical study on substrate recognition and catalytic mechanisms of gephyronic acid dehydratase DH1

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  • •  

    Insight into Structural Characteristics of Protein-Substrate Interaction in Pimaricin Thioesterase

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    •  

    Theoretical Investigation of the Structural Characteristics in the Active State of Akt1 Kinase

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    •  

    Theoretical Studies on the Catalytic Mechanism and Substrate Diversity for Macrocyclization of Pikromycin Thioesterase

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获奖情况

  • 2016年度、2017年度上海交通大学“优秀班主任”称号
  • 2018年上海交通大学生命科学技术学院“第三届教师教学竞赛”二等奖
  • 2018年上海交通大学“第三届青年教师教学竞赛”三等奖
  • 2020年 第五届全国大学生生命科学创新创业大赛 指导教师 三等奖

教学情况

  • 曾任课"分子模拟"、"高级生物信息学"、"计算生物学"等
  • 现授课本科生"自然科学基础"
  • 1. 国家自然科学基金, 面上项目, 32270038, 新家族NRPS 多肽环化酶催化机制解析及其应用, 2023-01 至 2026-12, 54万元, 在研, 主持
  • 2. 国家自然科学基金, 面上项目, 32070041, 安丝菌素聚酮合酶多功能DH机制解析与定向优化, 2021-01 至 2024-12, 58万元, 在研, 主持
  • 3. 科技部, 国家重点研发计划, 2021YFC2100601, 微生物药物工业底盘构建与适配性优化, 2021-07 至 2024-06, 63万元, 在研, 参与
  • 4. 科技部, 国家重点研发计划, 2019YFA0905401, 工业放线菌合成生物学关键使能技术体系, 2020-01 至 2024-12, 81万元, 在研, 参与
  • 5. 上海市自然科学基金，面上项目，19ZR1427300，匹马霉素硫酯酶的链释放机制解析与定向优化，2019-01 至 2022-12，20万，结题，主持

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生