魏冬青

长聘教授

  • 电话:+86-021-34204573
  • 邮箱:dqwei@sjtu.edu.cn
  • 实验室网址:tacc2008.sjtu.edu.cn
  • 长聘教授, Springer Nature SCI期刊"Interd. Sci. – Comp. Life Sci."主编, 高被引学者,发表论文600多篇,引用1万多次,H-index 60, H10-index 230,在交叉学科多个领域做出了开拓性工作。

学术经历

  • 1987年7月在美属波多黎各大学获博士学位 
  • 1987年8月-1992年12月加拿大不列颠哥伦比亚大学做博士后研究和研究学者 
  • 1993年1月-2006年2月加拿大计算及其应用研究中心,任研究员 
  • 2000年2月-2000年7月北京大学教授 
  • 2002年1月起任加拿大康克迪亚大学分子设计研究中心成员(兼职) 
  • 2003年1月-2006年1月,天津市及天津师大特聘教授(海河学者),天津大学博士生导师,生物信息与药物开发研究所所长 
  • 2006年2月起任上海交通大学生物信息与生物统计系教授及长聘教授,博士生导师, 以及微生物代谢国家重点实验室成员 

研究方向

结构生物信息学以及AI辅助药物设计

Structural Bioinformatics and AI Drug Design

把AI最新技术应用于pHLA结合预测、新抗原鉴定和HPV疫苗设计。

通过虚拟筛选获得治疗阿尔兹海默症的候选药物wgx-50(花椒素),通过分子模拟和大量实验分析其作用机制,开发治理阿尔兹海默症药物。

通过分子模拟和自由能计算,揭示抗流感病毒药物抑制病毒质子通道蛋白(M2)的分子机理及一些抗药性突变的产生机制。

 

代表论著

  • •  

    Cited 78 times -Jing Chang, Peng Lian, Dong-Qing Wei*, Xiang-Rong Chen, Zizheng Gong and Qingming Zhang, “Thermal decomposition of the solid phase of nitromethane: Ab initio molecular dynamics simulations”, Phys. Rev. Lett. 105, 188302 -188305(2010).

    •  

    Cited 34 times -Ruo-Xu Gu, Limin Angela Liu*, and Dong-Qing Wei*, “Free Energy Calculations on the Two Drug Binding Sites in the M2 Proton Channel”, J. Am. Chem. Soc., 133 (28), 10817–10825(2011).

    •  

    Cited 45 times - Maoping Tang, Zhaoxia Wang, Ying Zhou, Wangjie Xu, Shengtian Li,Lianyun Wang, Dong-Qing Wei*, Zhongdong Qiao*, “A novel drug candidate for Alzheimer disease treatment - gx-50 derived from Zanthoxylum Bungeanum”, J. Alzheimer’s Disease, 34, 203–213 (2013).

    •  

    (Cited 341 times) Wei, D. and G. Patey, "Orientational order in simple dipolar liquids: computer simulation of a ferroelectric nematic phase". Physical review letters, 1992. 68(13): p. 2043-2045.

    •  

    (Cited 180 times) Wei, D. and D. Salahub, "Hydrated proton clusters and solvent effects on the proton transfer barrier: A density functional study". The Journal of chemical physics, 1994. 101(9): p. 7633-7642.

  • •  

    (Cited 68 times) Chu, Y., A.C. Kaushik, X. Wang, W. Wang, Y. Zhang, X. Shan, D.R. Salahub, Y. Xiong, and Wei D.Q., "DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features". Briefings in Bioinformatics, 2019, doi: 10.1093/bib/bbz152.

    •  

    (Cited 66 times) Wang, C., Wang, S., Li, D., Wei, D.Q.*, Zhao, J*. and Wang, J.*, “Human intestinal defensin 5 inhibits SARS-CoV-2 invasion by cloaking ACE2”. Gastroenterology, 2020, DOI: 10.1053/j.gastro.2020.05.015.

    •  

    (Cited 0 times)  Chu, Y., Zhang, Y., Wang , Q.K., Zhang, L.F.,  Wang, X.H., Wang, Y.J., , Salahub, D.R., Xu, Q.., Wang, J.M., Jiang,  X., Xiong, Y*,  and Wei, D.Q.*,  “A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design”,  Nature Machine Intelligence, 2022, 4(3):300-311, DOI: 10.1038/s42256-022-00459-7 (2021).

获奖情况

  •  获得上海市科技进步一等奖,中华医学二等奖,计算机学会自然科学二等奖,上海交大科技奖,第五届焦善庆研究奖,年上海交大横山亮次奖。
  • “基于图深度学习和多标签学习的药物-靶标相互作用预测方法研究”,国家自然科学基金面上项目,项目编号:32070662,2021.1-2023.12,项目主持人。
  • “经典名方温胆汤精准临床定位决策体系”, 上海交通大学“交大之星”计划,医工交叉研究基金,项目编号:YG2021ZD02,2021.1-2023.12,共同主持人。
  • “人工智能辅助的酶定向进化研究”, 国家自然基金委重点项目,项目编号:32030063, 2021.1-2024.12, 项目参与人。
  • “人工智能抗新冠状病毒药物与疫苗设计与实验评估”, 广东省创新战略专项资金(广东防控新冠状病毒感染科技攻关应急专项), 2020.5-2021.4,项目主持人。
  •   ”蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法和应用”,国家重点研究领域,项目编号:2016YFA0501703,2016.1-2020.12,  项目负责人 。
  • “高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法”,项目编号:61832019,国家基金委重点项目,2019.1-2023.12, 项目参与人。
  •  “SCI期刊《Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences》一流期刊建设”,上海市高水平高校学术期刊支持计划, 项目负责人。
  •  “经典中国国际出版工程”,《转化医学信息学》, 项目主持人。
  •  “养殖废弃物安全资源化利用技术与研究及应用”,国家科技部-“十二五”科技支撑计划,项目编号:2013BAD21B03,2013-2016, 项目负责人。
  •  “地球深部碳循环的物理与化学”,东方科学论坛,2014, 项目负责人。
  • “985三期国际期刊专项”,上海交大, 2013-2014, 项目负责人。
  • “个性化药物设计软件与药物虚拟筛选服务”,国家技术创新基金,项目编号:238312C26213202383,2012-2015,50万元,项目负责人。
  •  “基于中西药学融合的靶向发现与药物分子设计技术”,国家863,项目编号:2012AA020307,2013-2015, 项目负责人。
  • “典型炸药爆炸机理的量子分子动力学研究”,国家自然科学基金,项目编号: 11174201, 2012-2015,60万元,项目负责人,已结题。
  •  “分子模拟与计算机辅助药物设计”,国家科学技术学术著作出版基金, 2012-2013,项目主持人。
  •  “药物代谢酶SNPs与药物的类药性一体化预测软件的研究与开发”, 国家863计划生物信息专项,项目编号:2007AA02Z333,2007-2011,  项目负责人。
  • “阿尔茨海默氏症天然药物的设计、筛选以及相关的理论研究”,国家自然科学基金,项目编号:30870476, 2009-2011 ,项目负责人。 
  • “重大新药创制”科技重大专项“十一五”计划第二批课题, 综合性新药研究开发技术大平台, 9600万元, 项目编号2009ZX9301-007, 项目参与人。 
  • “复杂环境化学反应体系的理论计算方法与应用研究”,国家自然科学基金,项目编号:20773085, 2008-2010, 项目负责人。

承担项目