魏婷

助理研究员(专职科研)

  • 电话:+86-021
  • 邮箱:weitinging@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海交通大学叶杰全楼511室
  • 实验室网址:https://cbb.sjtu.edu.cn/~hfchen/
  • 博士,助理研究员

学术经历

  • 2022/07-至今 上海交通大学 助理研究员
  • 2018/09-2022/06 上海交通大学 博士
  • 2016/07-2018/09 诺禾致源科技股份有限公司 生物信息工程师
  • 2013/07-2016/09 南京大学 硕士

研究方向

基于人工智能的肿瘤诊断和预后

组织病理学图像作为肿瘤诊断和分级的临床金标准,指导临床医生做出更精确的治疗决策。病理学家通过在显微镜下评估肿瘤细胞的形态等特征进行分级。然而,手动评估组织病理学图像是非常耗时、主观且不可重复的。基于组织病理学图像开发人工智能模型直接预测患者生存风险,该辅助工具可以用来提高病理学家的效率和准确性,并最终为患者提供更好的治疗。特别是对于偏远地区医师资源的情况,该模型具有重要意义和应用场景。

在线分析网站:https://yu.life.sjtu.edu.cn/DeepCoxSC

 

 

 

基于人工智能的蛋白质设计

蛋白质设计旨在设计能够折叠成期望结构并具有相应功能的蛋白质。蛋白质设计是蛋白质工程的核心问题,例如利用蛋白质设计提高酶的催化效率、抗体的亲和性等。基于人工智能算法构建蛋白质设计方法,并将该模型应用于CALB等蛋白设计,提高该酶的催化效率等。

蛋白设计网站:https://proteindesign.sjtu.edu.cn/GPDGenerator/

代表论著

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    Ting Wei#; Xin Yuan; Ruitian Gao; Luke Johnston; Jie Zhou; Yifan Wang; Weiming Kong; Yujing Xie; Yue Zhang; Dakang Xu*; Zhangsheng Yu*; Survival Prediction of Stomach Cancer Using Expression Data and Deep Learning Models with Histopathological Image, Cancer Science, 2022, 114(2):690-701. (IF=6.518)

    (*代表通讯作者,#共同第一作者)

    •  

    Ruitian Gao#; Shuai Zhao#; Kedeerya Aishanjiang#; Hao Cai#; Ting Wei#; Yichi Zhang; Zhikun Liu; Jie Zhou; Bing Han; Jian Wang; Han Ding; Yingbin Liu; Xiao Xu; Zhangsheng Yu*; Jinyang Gu*; Deep learning for differential diagnosis of malignant hepatic tumors based on multi-phase contrast-enhanced CT and clinical data, Journal of Hematology & Oncology, 2021, 14(1):154. (IF=23.168)

    •  

    Ting Wei#; Botao Fa; Chengwen Luo; Luke Johnston; Yue Zhang; Zhangsheng Yu*; An efficient and easy-to-use network-based integrative method of multi-omics data for cancer genes discovery, Frontiers in Genetics, 2021, 11:613033. (IF=4.772)

    •  

    Hanyi Chen#; Ting Wei#; Haiyin Wang#; Yi Zhou; Hua Chen; Lianghong Sun; Shaotan Xiao; Wuren Ma; Huijuan Zhao; Guanghua Chen; Xinlei Liang; Donglan Zhang; Weiwei Zheng*; Yixin Zhou*; Zhangsheng Yu*; Association of China’s two-child policy with changes in number of births and birth defects rate, 2008–2017, BMC Public Health, 2022, 22(1):434. (IF=4.135)

    •  

    Botao Fa#; Ting Wei; Yuan Zhou; Luke Johnston; Xin Yuan; Yanran Ma; Yue Zhang; Zhangsheng Yu*; GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles, Nature Communications, 2021, 12(1):4197. (IF=17.694)

  • •  

    Yuan Zhou#; Botao Fa; Ting Wei; Jianle Sun; Zhangsheng Yu*; Yue Zhang*; Elastic Correlation Adjusted Regression (ECAR) scores for high dimensional variable importance measuring, Scientific Reports, 2021, 11(1):23354. (IF=3.998)

    •  

    Xin Yuan#; Shuangge Ma; Botao Fa; Ting Wei; Yanran Ma; Yifan Wang; Wenwen Lv; Yue Zhang; Junke Zheng; Guoqiang Chen; Jing Sun; Zhangsheng Yu*; A high-efficiency differential expression method for cancer heterogeneity using large-scale single-cell RNA-sequencing data, Frontiers in Genetics, 2022, 13:1063130. (IF=4.772)

    •  

    Xiaokun Hong#; Kaiyuan Song; Mueed Ur Rahman; Ting Wei; Yan Zhang; Lin-Tai Da*; Hai-Feng Chen*; Phosphorylation Regulation Mechanism of β2 Integrin for the Binding of Filamin Revealed by Markov State Model, Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, 63(2):605-618. (IF=6.162)

    •  

     陈海峰; 魏婷; 一种基于 Graphormer 算法的蛋白质序列设计方法, 2022-11-18, 中国, CN202211443753.0.(专利)

  • 上海交通大学“交大之星”计划医工交叉研究基金青年项目, YG2023QNA16, 基于供肝病理多模态深度学习的肝移植术后移植物功能障碍预测研究, 2023-01 至 2025-12, 25万元, 在研,共同主持

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生