邵文广

长聘教轨副教授

  • 电话:有2024级博士生招生名额
  • 邮箱:wshao@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海交通大学叶杰全楼526室
  • 生物信息与生物统计系 博士生导师、课题组组长。主要从事免疫多肽组学、蛋白质组学、质谱学、精准医疗的方法开发和与临床医学相结合的机器学习、大数据分析研究。 (有2024学年 博士生招生名额,同时长期招收博士后和研究助理)

学术经历

  • 2021 - 至今 上海交通大学 长聘教轨副教授
  • 2015 - 2021 苏黎世联邦理工学院 博士后
  • 2008 - 2015 香港科技大学 硕士、博士、博士后
  • 2004 - 2008 上海交通大学 本科

代表论著

  • •  

    X. Huang, et al., W. Shao# "The SysteMHC Atlas v2.0, an updated resource for mass spectrometry-based immunopeptidomics" Nucleic Acids Research 2024 (#独立通讯)

    •  

    P. Forny*, X. Bonilla*, D. Lamparter*, W. Shao*, et al. “Integrated multi-omics reveals anaplerotic insufficiency in methylmalonyl-CoA mutase deficiency” Nature Metabolism  2023 (共一,按姓氏排列)

    •  

    W. Shao, E. Caron, P. Pedrioli, R. Aebersold. “The SysteMHC Atlas: a Computational Pipeline, a Website, and a Data Repository for Immunopeptidomic Analyses” Methods in Molecular Biology. 2120:173-181 (2020) (一作;通讯)

    •  

    W. Shao*, T. Guo*, N. Toussaint, U. Wagner, G. Ratsch, P. Wild, R. Aebersold et al. “Comparative analysis of mRNA degradation and protein degradation in 68 pairs of adjacent prostate tissue samples indicates high stability of proteins.” Nature Communications 10, 2524.

    •  

    W. Shao, P. Pedrioli, W. Wolski, C. Scurtescu, et al. “The SysteMHC Atlas project.” Nucleic Acids Research 46, 1237-1247.

  • •  

    W. Shao, H. Lam. “Tandem mass spectral libraries of peptides and their roles in proteomics research.” Mass Spectrometry Reviews 5, 634-648.

    •  

    P. Forny*, X. Bonilla*, D. Lamparter*, W. Shao*, et al. “Integrated multi-omics reveals anaplerotic insufficiency in methylmalonyl-CoA mutase deficiency” Nature Metabolism  2023 (co-first; listed alphabetically)

    •  

    Buljan, M., Banaei-Esfahani, A., Blattmann, P., Meier-Abt, F., Shao, W., Vitek, O., Tang, H., & Aebersold, R. (2023). A computational framework for the inference of protein complex remodeling from whole-proteome measurements. Nature Methods

获奖情况

  • 中国生物信息学会(筹)重大疾病组学信息学专委会 委员
  • IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM),程序委员会 委员 2020-2023

 

2021 上海交通大学本科生研究计划PRP 优秀指导教师

2022 上海交通大学本科生研究计划PRP 优秀指导教师

2023 上海交通大学本科生研究计划PRP 优秀指导教师

教学情况

 

  • 本科生必修课: 普通生物学
  • 国家自然科学基金面上项目 32271493,2023-01-01至2026-12-31,主持
  • 国家自然科学基金青年项目 62102248,2022-01-01至2024-12-31,主持
  • 国家重点研发计划“前沿生物技术”专项 2022YFC3401600 肿瘤疫苗关键技术及产品研发 子课题,2022-12-01至2027-11-30,参与

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生