由德林

教授

学术经历

  • 2001年于吉林大学获生物化学与分子生物学专业博士学位;
  • 2001-2003年在北京大学生命科学学院做博士后研究;
  • 2003年于上海交通大学生命科学技术学院工作,聘为副教授,博士生导师;
  • 2014年被聘为教授;
  • 2010-2011年在麻省理工学院进行合作研究。

研究方向

DNA磷硫酰化修饰

在DNA 骨架上发现DNA磷硫酰化生理修饰结构基础上,以表观遗传学领域的新技术和新方法,研究新型表观遗传修饰-DNA磷硫酰化的生物化学途径和全基因组上的修饰序列特征,并深入探索这种新型表观遗传修饰在细胞防卫、基因表达调控等方面潜在的生理功能。

微生物天然产物的生物合成

以具有新颖结构、独特生理活性的微生物次级代谢产物为研究对象,综合运用生物化学、分子遗传学和化学生物学等手段,开展微生物次级代谢产物的分离鉴定、生物合成基因簇的克隆、生物合成途径和调控机制及生物活性与功能的研究,并在此基础上开展活性天然产物的结构修饰和组合生物合成改造。目前集中在微生物天然产物xantholipin、piericidin、chlortetracycline、agri-antibiotic 120(anisomycin 和tetramycin)和candicidin的生物合成途径和酶反应机制研究。

代表论著

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    Xu T, Yao F, Zhou X, Deng Z*, You D*. A novel host-specific restriction system associated with DNA backbone S-modification in Salmonella. Nucleic Acids Res. 2010, 38(20): 7133-41.

    •  

    Zheng T, Jiang P, Cao B, Cheng Q, Kong L, Zheng X, Hu Q*, You D*. DndEi exhibits helicase activity essential for DNA phosphorothioate modification and ATPase activity strongly stimulated by DNA substrate with a GAAC/GTTC motif. J Biol Chem. 2016, 291(3):1492-500. 

    •  

    Cheng Q, Cao B, Yao F, Li J, Deng Z, You D*. Regulation of DNA phosphorothioate modifications by the transcriptional regulator DptB in Salmonella. Molecular Microbiology 2015, 97(6): 1186-94.

    •  

    Kong L, Zhang W, Chooi YH, Wang L, Cao B, Deng Z, Chu Y, You D*. A Multifunctional Monooxygenase XanO4 Catalyzes Xanthone Formation in Xantholipin Biosynthesis via a Cryptic Demethoxylation. Cell Chem Biol. 2016, 23(4):508-16.

    •  

    Zheng X, Cheng Q, Yao F, Wang X, Kong L, Cao B, Xu M, Lin S, Deng Z, Chooi YH*, You D*. Biosynthesis of the pyrrolidine protein synthesis inhibitor anisomycin involves novel gene ensemble and cryptic biosynthetic steps. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017,114(16):4135-40.

  • •  

    Li J, Chen Y, Zheng T, Kong L, Zhu S, Sun Y, Deng Z, Yang L*, You D*. Quantitative mapping of DNA phosphorothioatome reveals phosphorothioate heterogeneity of low modification frequency. PLoS Genet. 2019, 15(4):e1008026.

    •  

    Cao B, Chen C, DeMott MS, Cheng Q, Clark TA, Xiong X, Zheng X, Butty V, Levine SS, Yuan G, Boitano M, Luong K, Song Y, Zhou X, Deng Z, Turner SW, Korlach J, You D*, Wang L*, Chen S*, Dedon PC. Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences. Nature Communications 2014, 5: 3951.

    •  

    Zhu T, Cheng X, Liu Y, Deng Z, You D*. Deciphering and engineering of the final step halogenase for improved chlortetracycline biosynthesis in industrial Streptomyces aureofaciens. Metabolic Engineering 2013, 19:69-78.

    •  

    Zhang W, Wang L, Kong L, Wang T, Chu Y, Deng Z, You D*. Unveiling the post-PKS redox tailoring steps in biosynthesis of the type II polyketide antitumor antibiotic xantholipin. Chemistry & Biology 2012, 19(3):422-32. (Cell Press journals)

    •  

    Liu Q, Yao F, Chooi Y, Kang Q, Xu W, Li Y, Shao Y, Shi Y, Deng Z, Tang Y*, You D*. Elucidation of piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of α-pyridone ring formation. Chemistry & Biology 2012, 19(2):243-53. (Cell Press journals)

获奖情况

  • 2008年入选首届上海交通大学晨星青年学者奖励计划(A类);2012年获得明治生命科学奖(科学奖),入选上海市浦江人才计划。
  • 作为项目负责人先后主持国家自然科学基金项目5项、国家高技术研究发展计划项目(863计划) 3项、国家重点基础研究发展计划项目(973计划)子课题1项和上海市自然科学基金项目1项。

承担项目