2001届校友—上海交通大学Bio-X中心特聘教授 师咏勇

2001届生物技术专业校友

个人简历

 

师咏勇主要学术任职为上海交通大学Bio-X研究院课题组组长,现为教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年基金获得者。2001年7月本科毕业于上海交通大学,获得生物技术专业理科学士学位以及国际经济和贸易专业理科第二学士学位。2006年3月,完成博士学位答辩,获得上海交通大学生物化学与分子生物学博士学位。2006年6月起,任上海交通大学BIO-X研究院课题组组长,并被聘为上海交通大学副教授和硕士生导师,开始独立从事人类复杂性状的遗传学研究工作。2008年被聘为上海交通大学研究员和博士生导师。此外,获得了3项软件著作权授权,并以负责人身份获得了自然科学基金重点项目、863重大项目课题,入选了中组部青年拔尖人才、教育部新世纪优秀人才等人才支持计划,并且获评全国优秀博士学位论文、上海市曙光学者、上海市青年科技英才、上海市青年科技启明星。

 

研究方向

 

师咏勇主要从事人类复杂性状的遗传学研究工作,在人类复杂性状遗传学研究工具和方法的开发、复杂疾病遗传机制研究等方向取得了一些学术成绩。课题组主要研究方向包括:人类复杂性状遗传机理的研究、生物信息学研究、复杂疾病模式动物研究、纳米技术在分子生物学中的应用研究等。

 

发表论文

 

共发表SCI论文111篇,总影响因子980,在SCIE数据库中总他引1800余次,其中以第一作者身份发表的单篇论文最高被引用543次,他引445次;其中,以通讯作者和(或)第一作者身份在Nature Nanotechnology、Nature Genetics等近年最高影响因子高于30的杂志上发表了7篇论文,在Archives of General Psychiatry、Cell Research、Genome Research、Molecular Psychiatry等近年最高影响因子高于10的杂志上发表的8篇论文。

 

研究成果

 

师咏勇带领课题组,通过对复杂性状遗传学研究方法的认识、实践以及不断探索,针对相关研究领域的热点问题,持续创新开发分子遗传学实验方法和数据分析工具。一方面,主导设计了一种全新的高通量、高精确性的目标区域基因组长片段单倍型实验分析方案,并通过与中国科学院上海应用物理研究所的合作,选取了恰当的纳米材料辅助实验,最终开发成功AuNAS技术(Nature Nanotechnology 2011;近年最高影响因子30.324;通讯作者),实现了高通量长片段单倍型分型实验研究的创新与突破,为分子遗传学研究、特别是复杂性状功能变异位点研究建立了一定的技术基础。此前,对于单倍型的大规模分型研究基本上只能用软件工具进行较为粗略的推断,一直缺乏能开展高通量、大规模长片段单倍型分型的实验方法,师咏勇课题组在这一领域实现了突破。在复杂性状遗传学研究中,特别是后全基因组关联分析时代(post-GWAS era)的复杂疾病易感区域/易感基因致病功能位点研究分析中,该方法将给研究者带来重要的价值。Nature Asia Materials杂志以“遗传分析得到黄金待遇——纳米金粒子加速疾病遗传机制研究”为题为AuNAS技术作了评述,高度评价了师咏勇等研究者通过对纳米金粒子的运用实现了单倍型的高通量实验分析,认为此项技术彻底改变了过去相关工作缓慢而艰难的处境,同时也着重指出相关技术对致病变异研究的重要性。另一方面,近年,鉴于复杂性状遗传学研究领域内缺乏针对多等位基因(N>2)分析的单倍型数据分析算法,开发了PLCSEM(Cell Research 2009;近年最高影响因子10.526;通讯作者)多等位基因单倍型分析算法,对于运算复杂度为指数级别的多等位基因型、多位点的单倍型分析做出了特别的算法优化,在提供了重要的多等位基因单倍型分析算法同时,其多位点运算效率和同类分析工具相比也具有优势,相关论文在SCIE数据库被他引104次。此外,师咏勇课题组开发的复杂性状遗传学分析工具还包括SHEsis遗传学关联分析软件(Cell Research 2005;第一作者)、SHEsisEpi全基因组基因基因相互作用分析算法(Cell Research 2010;通讯作者)等,相关的单篇论文在SCIE数据库最高被他引445次、相关软件共取得了3项软件著作权。

 

其次,通过大样本组织和多中心合作,结合自主开发的人类复杂性状遗传学分析方法和工具,开展了复杂疾病遗传机制研究实践工作。

 

2008-2011 年,完成了中国汉族人群精神分裂症大样本全基因组关联分析研究,发现8q12 和1q24.2 两个区域是与中国汉族人群精神分裂症发生相关的重要易感区域,此项工作为“下游”功能基因组学、发育生物学等研究工作奠定了基础(Nature Genetics 2011;近年最高影响因子36.377;通讯作者/第一作者);发现了BCL9基因、MHC区域、TCF4基因、DGKH基因、15q11.2区域罕见拷贝数变异与一种或数种精神疾病发生机制的相关性,为开展进一步的精神疾病遗传机制研究工作和可能的分子诊断应用奠定基础(Archives of General Psychiatry 2011,近年最高影响因子15.976;Molecular Psychiatry 2011;Biological Psychiatry 2010,近年最高影响因子8.926;Schizophrenia Bulletin 2012,近年最高影响因子8.800;通讯作者)。

 

2009 - 2012 年,与山东大学等单位合作开展复杂疾病多囊卵巢综合征遗传机制研究,发现位于染色体2p16.3、2p21、9q33.3、9q22.32, 11q22.1, 12q13.2, 12q14.3, 16q12.1, 19p13.3 和20q13.2 区域与多囊卵巢综合征的发病机制密切相关,其中的部分易感区域同时也是I 型糖尿病、II 型糖尿病、阳痿等疾病的易感区域。以上这些发现对揭示多囊卵巢综合征的发病机理有较大的科学意义,以师咏勇为通讯作者的论文于2011 年发表于Nature Genetics杂志、以师咏勇为第一作者的论文于2012 年发表于Nature Genetics杂志。

 

2010 - 2013年,分别与南京医科大学公共卫生学院、华中科技大学同济医学院附属同济医院等单位合作开展非贲门胃癌以及宫颈癌的遗传机制研究,从基因组中首次鉴别出了5p13.1和3q13.31这两个新的非贲门胃癌相关区域以及4q12和17q12这两个新的宫颈癌相关区域。这些发现为继续开展功能变异位点研究、揭示非贲门胃癌以及宫颈癌的发病机理奠定基础,以师咏勇为通讯作者兼第一作者的2篇相关论文分别于2011年以及2013年发表于Nature Genetics杂志。

 

目前,师咏勇带领课题组在上述复杂疾病遗传学研究中已经取得的结果的基础上,运用自主开发的技术方法以及其它的分子遗传学实验技术,进一步研究这些疾病的致病功能变异并尝试开展相关的功能验证实验,为最终揭示相关疾病的遗传机制而持续努力。

 

整理日期:2013年10月24日

 

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