韦朝春教授研究团队成功开发水稻泛基因组浏览器

12月10日,Nucleic Acids Research在线发表了上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计系韦朝春教授研究团队的文章“RPAN: rice pan-genome browser for ~3000 rice genomes”(doi: 10.1093/nar/gkw958),硕士生孙晨、博士生胡智强和本科生吕广振为并列第一作者。

RPAN(访问地址http://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/)以3000株水稻基因组计划(3000 Rice Genomes Project)产生的泛基因组(pan-genome)分析结果为基础,构建了水稻泛基因组数据库和可视化页面。通过水稻泛基因组分析,得到了大约260M新序列和超过12000个新基因。RPAN提供了水稻泛基因组序列、基因注释、表达谱、基因有无、基因功能、品种间演化关系等重要信息,并支持多种便捷的搜索和直观的可视化功能。RPAN把水稻的个体、基因和序列都放在一个泛基因组背景下来研究,为水稻科学研究提供了重要的数据资源宝库和研究支撑工具,对水稻科学和水稻精准育种具有重要的理论和实践指导意义。

该成果与中国农业科学院合作,由上海交通大学高性能计算中心提供计算支持。生命科学技术学院张大兵教授和石建新副研究员也参与了本项目的研究指导。

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