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韦朝春
韦朝春
教授
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cbb.sjtu.edu.cn/~ccwei
34204348

个人简历

韦朝春,教授,博士生导师,浦江人才,教育部新世纪优秀人才。目前研究方向包括基因组学,元基因组学,以及高性能计算在生物信息学中的应用研究等。在PLoS Biology,Genome Research,Genome Biology,Scientific Reports等国际著名学术期刊发表了一系列论文,总影响因子超过120,引用次数超过1500次。

2011-今 博士生导师 上海交通大学
2015-今 教授 上海交通大学
2008-2015 副教授 上海交通大学 兼上海生物信息技术研究中心课题组长。
2006-2007 软件工程师 微软公司,美国西雅图
2000-2006 博士:计算机科学(计算生物学) 美国华盛顿大学(圣路易斯)计算机系
1996-1999 硕士:信号与信息处理 北京大学信息科学中心
1991-1996 学士:数学 北京大学数学系

研究方向

研究领域为生物信息学。研究方向包括:1)基因组学,2)元基因组学,以及3)生物信息学中的高性能计算。
1)基因组学:基因结构预测,可变剪切预测,重复序列对基因结构的影响,以及转录调控因子模块寻找等;
2)元基因组学:基于新一代测序技术的元基因组数据采集和高速分析系统及其应用研究;
3)生物信息学中的高性能计算:包括利用GPU加速元基因组学分析系统和高速序列比对算法等。

发表论文

代表性论文(*为通讯作者)
1.Hu, Z., Scott, H., Qin, G., Zheng, G, Chu, X., Xie, L., Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., Zhang, B., Wang, X., Li, N., Wei, C.*, "Revealing missing human protein isoforms based on ab initio prediction, RNA-sesq and proteomics", Scientific Reports, 2015, 5:10940
影响因子:5.58
2.Zhang, Y., He, Y., Zheng, G., Wei, C.*, "MOST+: A de novo motif finder combining genomic sequence and heterogeneous genome-wide signatures", BMC Genomics, 2015, 16(Suppl 7):S13
影响因子: 3.99
3.Xiao, G. et al., "Whole genome sequencing of six dog breeds from continuous altitudes reveals adaption to high-altitude hypoxia", Genome Research, 2014, 24(8)1308-15.
影响因子:14.63
4.Hou, T., Zheng, G., Zhang P., Jia, J., Li, J., Xie, L., Wei, C.*, Li, Y., " LAceP: lysine acetylation sites prediction using logistic regression classifier", PLoS ONE, 2014, 9(2): e89575
影响因子:3.23
5.Jia, B., Cai, K., Xuan, L., Wei, C.*, “NeSSM: a Next-generation Sequencing Simulator for Metagenomics”, PLoS ONE, 2013, 8(10):e75448.
影响因子:3.23
6.Xu, H., Yu, H., Tu, K., Shi, Q., Wei, C., Li, Y., Li, Y., “cGRNB: a web server for building combinatorial gene regulatory networks through integrated engineering of seed-matching sequence information and gene expression datasets”, BMC Systems Biology, 2013, 7(Suppl 2):S7
影响因子: 2.44
7.Cui, X., Wang, Q., Yin, W., Xu, H., Wilson, Z., Pan, S., Wei, C. and Zhang, D., “PMRD: a curated database for genes and mutants involved in plant male reproduction”, 2012, BMC Plant Biology , 12:215
影响因子: 3.81
8.Zheng, G., Liu, Q., Ding, G., Wei, C.*, Li, Y., “Towards biological characters of interactions between transcription factors and their DNA targets in Mammals”, 2012, BMC Genomics, 13:388
影响因子: 3.99
9.He, Y., Zhang, Y., Zheng, G., Wei, C.*, “CTF: a CRF-based transcription factor binding sites finding system”, BMC Genomics, 2012, 13(Suppl 8):S18
影响因子: 3.99
10.Zheng, G., Wang, H., Wei, C.*, Li, Y., “iGepros: An integrated gene and protein annotation server for biological nature exploration”, BMC Bioinformatics, 2011, 12(Suppl 14):S6
影响因子:2.58
11.Jia, P. , Xuan, L. , Liu, L., Wei, C.* , “MetaBinG: Using GPUs to accelerate metagenomic sequence classification”. PLoS ONE, 2011, 6(11): e25353. doi:10.1371/journal.pone.0025353
影响因子:3.23
12.Ling, Z., Kong, J., Jia, P., Wei, C., Wang, Y., Pan, Z., Huang, W., Chen, H., Xiang, C., “Analsysis of oral microbiota in children with dental caries by PCR-DGGE and Barcoded Pyrosequencing”, Microbial Ecology, 2010, 60(3):677-90
影响因子:2.97
13.Zhang, C., Zhang, M., Wang, S., Han R., Cao, Y., Hua, W., Mao, Y., Zhang X., Pang X., Wei, C., Zhao, G., Chen, Y., Zhao, L., “Interactions between gut microbiota, host genetics, and diet relevant to development of metabolic syndromes in mice”, ISME J, 2010, 4, 232–241
影响因子:9.30
14.The MGC Project Team, “The Completion of the Mammalian Gene Collection (MGC)”, Genome Research, 2009, 19:2324-2333
影响因子: 14.63
15.Yang, X., Xie, L., Li, Y., Wei, C*. “More than 9,000,000 Unique Genes in Human Gut Bacterial Community: Estimating Gene Numbers Inside a Human Body”, PLoS ONE, 2009, 4(6): e6074.
影响因子:3.23
16.Huang, T., Tu, K., Shyr, Y, Wei, C., Xie, L. and Li, Y. “The prediction of interferon treatment effects based on time series microarray gene expression profiles”, Journal of Translational Medicine, 2008, 6:44
影响因子:3.93
17.Zheng, G., Tu, K., Yang, Q., Xiong, Y., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y. “ITFP: an integrated platform of mammalian transcription factors”, Bioinformatics, 2008, 24(20):2416-2417
影响因子:4.98
18.Zheng, G., Qian, Z., Yang, Q., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y. “The Combination Approach of SVM and ECOC for Powerful Identification and Classification of Transcription Factor”, BMC Bioinformatics, 2008 Jun 16;9(1):282.
影响因子: 2.58
19.Arumugam, M., Wei, C., Brown, R. H. and Brent, M. R. “PAIRAGON + N-SCAN_EST: A Model-Based Gene Annotation Pipeline”, Genome Biology, 2006, 7(Suppl I):S5.
影响因子: 10.81
20.Wei, C. and Brent, M. R. “Using ESTs to Improve the Accuracy of de novo Gene Prediction”, BMC Bioinformatics, 2006, 7:327.
影响因子: 2.58
21.Wei, C., Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R. “Closing in on the C.elegans ORFeome by Cloning TWINSCAN predictions”, Genome Research, 2005, 15:577-582.
(该论文在2005年6月被Nature Reviews Genetics Vol.6 No.5报道为研究热点Research Highlights)
影响因子: 14.63
22.Stein, L. D. Z. Bao, ..., Wei, C., ..., Waterston, R. H. “The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics”, PLoS Biology, 2003, 1(2): E45.
影响因子: 9.34

研究成果

在线虫(C.elegans)的基因结构预测方面的结果是世界上第一个在基因水平上准确率突破60%的多细胞生物基因预测系统,被Nature reviews Genetics报道为研究亮点(Research highlight)。在人类基因预测方面,运用统计模型通过结合比较基因组学和转录组学的方法使得人类基因结构预测准确率在基因水平上敏感性(Sensitivity)从15%提高到了45%,特异性(Specificity)从10%到25%左右。通过按照基因预测结果设计生物实验验证基因存在性的方法,找到并证实了734个人类基因的存在性。近年来,发展了人类蛋白质编码的转录本预测方法,预测并验证了近3万个转录本,并估计出人类基因组编码的蛋白质数量不低于20万个。开展了基于新一代测序数据的基因组学和元基因组学研究,特别是转录因子结合位点及目标基因寻找,调控因子模块寻找研究以及元基因组学研究。创建了一个基于新一代测序的元基因组数据采集和分析系统;估计出人体内肠道菌群包含超过9百万个独特的基因,是人体自身基因数量的400倍以上。将GPU引入元基因组分析系统,创建了元基因组序列快速分类系统,和目前最好的系统相比在准确率相似的前提下,速度提高1500倍左右。


近年主持的科研项目
1.国家自然科学基金面上项目(3项)
a)“元基因组中复杂结构的序列模块寻找及其功能分析”, 项目批准号61472246, 时间 2015.1-2018.12
b)“包含重复序列的基因预测及其功能分析”,项目批准号61272250,时间2013.1-2016.12
c)“基因结构多变性指标及其在基因的疾病易感性研究中的应用”,项目批准号60970050,时间2010.1-2012.12
2.“863”项目(1项)
“基于新一代测序技术的元基因组数据采集与分析系统”,课题编号2009AA02Z310,时间2009.1-2011.12
3.上海市科委基础重点项目“在基因组序列中寻找复杂结构子序列模块的算法及系统研究”,课题编号08JC1416700,时间2008.10-2010.9
4.上海市浦江人才计划“条件随机场理论及其在生物信息学中的应用研究”,课题编号09PJ1407900,时间2009.8-2011.7

参与项目
1. 973项目“南海珊瑚礁对多次度热带海洋环境变化的响应、记录与适应对策研究” (预算2600万)
子课题:南海珊瑚礁退化机理和修复潜力(预算560万,101万到本人),课题编号2013CB956103,时间 2013.1-2017.12
2. 863项目“微生物组学数据集成及分析的关键技术研发”,(预算720万,65万到交大),课题编号 2014AA021502, 时间 2014.1.1-2016.12

申请国家专利7项,授权2项:
1.“人乳头瘤病毒检查试剂盒的制备和使用”,专利号:ZL200910049555.4
2.“用图形处理单元加速元基因组物种分析的方法和系统”,专利号:ZL201110125025.0
3.“基于元基因组学的未知病原鉴定系统”,申请号:20111045266.7
4.“一种荧光成像分析系统及其荧光成像分析方法”,申请号:201510186113.X
5.“一种荧光成像分析系统”, 申请号:201520237179.2
6.“一种核酸扩增反应引物的设计方法及其应用”,申请号:20150559179.9
7.“快速恒温检测阪崎克罗诺杆菌的方法、引物及试剂盒”,申请号:201510556917.4

软件著作权7项:
8.“元基因组新一代测序模拟系统(NeSSM)”, 登记号:2010SR029333
9.“可视化复杂子序列模块检测系统(FlexSA)”, 登记号:2010SR057696
10.“基于条件随机场的转录因子结合位点预测系统(CTF)”, 登记号:2011SR086086
11.“痢疾杆菌综合基因组数据库系统”,申请号:2011R11L179894
12.“元基因组基因功能分析系统”, 申请号:2011R11L181725
13.“基于逻辑回归的蛋白质乙酰化位点预测系统(LAceP)”, 登记号:2015SR171889
14.“用于生物特征探索的一个整合的基因和蛋白质注释系统(iGepros)”, 登记号:2015SR171886.