上海交通大学生命科学技术学院现有国家重点学科3个，上海市重点学科1个。
生物医学工程学科2002年就被评为国家重点学科，列全国第三。2006年在国家一级学科评比中位列生物医学工程学科第二名。2007年经复查再获批准为国家重点学科（一级学科）。2007年“微生物学”、“生物化学与分子生物学”、“遗传学”新增为上海市重点学科；同年“生物化学与分子生物学”和“遗传学”被批准新增为国家重点学科。