课程内容包括生物医学图像处理基础和生物医学成像原理两部分。生物医学成像原理部分的教材采用自编的《计算机在生物医学中的应用》（第二版）（庄天戈，科学出版社，2000）。选用依据：该教材主要部分为医学成像和医学图像存储及传输。该教材为上海市普通高校“九五”重点教材、电子工业部“九五”重点教材。获教育部2002年全国普通高等学校优秀教材二等奖，该书第一版曾获第三届全国工科电子类优秀教材一等奖。该书为我校和兄弟院校的本科、研究生教材，效果很好。书中第一、四、五、六、七章为本课程所用。
生物医学图像处理部分的教材选用国外高水平原版教材“Digital Image Processing” （K. R. Castleman，清华大学出版社，2003,1998），选用依据：作者K.R.Castleman博士多年来从事医学图像研究和应用产品开发，教材中有丰富的生物医学图像处理实例，有很强的针对性。
实验教学的教材选用《MATLAB 6.X图像处理》（孙兆林，清华大学出版社，2002）。该书详述MATLAB图像处理技巧，突出图像处理的理论和应用结合的方法，涵盖图像的滤波、变换、压缩以及图像数据融合等多种图像处理技术，有大量的应用实例。
